ASWI - Pokročilé softwarové inženýrství » ASWI 2024 » Využití Deep Learning v medicínských aplikacích - MedicalBugs

h1. Iterace 5

h2. Plánování

Péťa - Tvorba statistik, MRE dokumentace pomoc Lukášovi, úpravy dokumentů

Kuba - Přehledová stánka, práce na stránce pro statistiky

Pavel - Rozšiřování funkcí serveru, Tvorba statistik (s Péťou)

Lukáš- Tvorba funkcí a dotazů pro web, tvorba slovníku a převodníku na SPARQL dotazy

h3. Schůzka se zadavatelem 24.4.2024

Dostali jsme e-mailem technické parametry serveru, na kterém náš sw poběží.

Probrán problém s RDF databází - "přírůstková" -> nutné pracovat s nejnovějšími záznamy (ve starších nemusí být ještě vyplněné všechny údaje - ty přibývají postupně z různých oddělení a tak).

Prodiskutovány minimální akceptační kritéria pro ASWI/TSP1 - segmentační model, předdefinované statistiky -> zadavatel schvaluje.

Segmentační model - zadavatelem schválen náš návrh na interaktivní výběr snímku pro segmentaci.

Probraná změna u statistik - rozdělení na předdefinované statistiky (statické fnce - běžně využívané statistiky nad danými daty) a statistiky nad uživatelem zvolenými daty (dynamické).

Zadavatel nám na příští schůzce dodá konkrétní statistiky (a nad kterými daty), které by uživatel potřeboval.

h3. Schůzka se zadavatelem 29.4.2024

S Krylem diskutována uložená data v RDF databázi - přes co procházet a kde najít údaje o vyšetřeních, diagnózách apod. (pro statistiky).

Jak poznat zda se jedná o trombolýzu nebo trombektomii, kde tuto informaci najít? - vyřešeno -> Acute 

+Doporučení+ : hledat substringem v názvech properties, ne v hodnotách.

Statistiky:

počet pacientů, vývoj za časové období, kolik a jak léčený (trombektomie,trombolýza), výsledky léčení, kolik pacientů má MRE po 3 měsících (a s jakým výsledkem)

*-> tzn. více dashboardů (přehledů); další statistiky (shluk. analýza, korelace, lin. regrese, ..) až později - TSP2*

h3. Schůzka se zadavatelem 6.5.2024

Probrán pozitivní posun v získání dat pro dashboardy.

Lékař bude filtrovat/hledat pacienty dle věku a pohlaví spíše než pomocí id (nemají tolik pacientů, takže by to neměl být problém).

Jak ze získaných cest k CT snímkům získat samotné snímky? - probrat s Petrem Včelákem -> potřeba domluvení schůzky.

Se zadavatelem probrán problém se členem týmu - Jakubem - nedodává slibované části sw, necommituje, má málo vykázaných hodin a ty co má jsou z většiny pouze ze schůzek, což  vede k ubrání získaných bodů u ASWI.

-> *Domluven pro něj milník: dodání dashboardu dle již dříve zaslaného návrhu (viz přiložený soubor) do nedělního standupu (12.5.2024). Jinak už nebude součástí týmu.*

Panem Krylem odhadnuty časy jak dlouho by vykreslení jednotlivých grafů mělo Jakubovi trvat (i vzhledem k tomu, že již toto řešil v bakalářce) -> je to bez problémů zvládnutelné do týdne. 

!dashboard.jpg!

h2. Rekapitulační schůzka 5 iterace

Co se povedlo?

- vytvoření dotazů na count trombolýz, tromboktomií, výpis typů snímu, výpis cest dicom souborů

- upravené usecase, podrobněji upravený implementační pohled v architektuře

- soubor requirements.txt

- vytvorba webu dle úkolu #11427 

- vylepšení přesnosti segmentace modelu, otestované, že funguje v produkční podobě

Co se nepovedlo?

- filtr na datumy ve sparql

- Domluva se Včelákem na stahování dicom snímků (dále v řešení)

- grafy jsou vertikálně zobrazeny a ne vertikálně

Co můžeme zlepšit?

- Lukáš - více okomentovat jednotlivé dotazy

- Kuba - vyplnit včas Redmine a udržovat její pravidelnou správu, commitovat pravidelně!!!

Čemu se máme vyhnout?

- zbytečně vytvářet nepříjemné situace a hádky ve skupině -> propráno na stand upu: otevřeně říkat mezi sebou chyby, přijmout je a snažit se je napravit